La villa de Mecerreyes se halla situada entre las comarcas de la Ribera del Arlanza y la Sierra. El terreno, aunque amplio y variado, es duro, con una moderada productividad, propio de una agricultura de montaña y de secano.

Los primeros indicios de población se remontan al Neolítico: hachas de fibrolita. Se han encontrado restos arqueológicos de la cultura del Bronce Atlántico (900 al 600 a. C ): puntas de lanza, flechas, fíbulas y otros objetos.

También los romanos se asentaron en Mecerreyes, concretamente en Valdarcos ( muy cerca de la raya divisoria con  Covarrubias), donde aún  se pueden recoger restos cerámicos de «terra sigilata» y de donde procede la estela funeraria romana del año 50, donde aparecería el primer indígena conocido de Mecerreyes: Cayo Aerno.

No se sabe con exactitud cuál es el origen de Mecerreyes ni de su etimología. Dos son las hipótesis posibles y ambas colocan su origen entre los siglos IX-X. La primera argumenta que su fundación vendría a responder al llamamiento de repoblación y derecho de presura de Alfonso III en el año 868; así llegan los mozárabes de la zona andaluza a los reinos de León y de Castilla y las gentes de las montañas del norte. La segunda hipótesis fija su fundación a partir de 912, cuando los infanzones Gundisalvo y Finderico fundan la ciudad de Lara; tras las victorias de Cascajares y Hacinas quieren ensanchar el condado y fijar sus fronteras más allá de la sierra de las Mamblas estableciendo diferentes asentamientos.

Las primeras noticias escritas de su existencia las encontramos en el siglo X tal como aparece en el documento fundacional del Infantazgo de Covarrubias del año 978, como perteneciente al condado de Lara: «De Lara, Mambulas et Mezerese».

El gentilicio para designar a las gentes de Mecerreyes es el de guiletos. Tanto este nombre como el del pueblo tienen resonancias árabes, por lo que la hipótesis de una repoblación con gentes del sur cobraría mayor fuerza.

En el caso de Mecerreyes su origen se debe a dos palabras árabes (maza rais) que significan: prado, vega, campo del arraez o cabezo (tal vez por pertenecer a algún capitán o estar colocado en el cabezo o promontorio inicial de algún monte -geográficamente así sucede-). El nombre de guiletos vendría derivado de la palabra hispano-árabe guilla, que significa cosecha; guileto, entonces, significaría el que recoge cosecha para alguien.

El recuerdo de una posible dependencia inicial mozárabe se ha conservado en el pueblo en la confección de colchas y mantas al estilo árabe, y en la toponimia de muchos lugares: Valzaramio, Valdeontrosa, Valdemoro…

Son típicas del pueblo la celebración de la fiesta del gallo en carnavales, el canto de las marzas, las fiestas de gracias por la cosecha a finales de verano, un certamen de dulzaineros y las celebraciones de sus patronos en mayo (San Isidro) y noviembre (San Martín).